Rendimiento y datos de selección de tamaño de SPRIselect

Rendimiento y datos de la solución de selección de tamaño de SPRIselect

La secuenciación de nueva generación (NGS) es hoy en día la tecnología más generalizada en investigación genómica. La larga lista de aplicaciones de avanzada cuenta con diversos requisitos de preparación de bibliotecas que exigen soluciones flexibles. El tamaño del ADN tiene un impacto directo en la generación de los resultados deseados en la secuenciación. El kit de reactivos SPRIselect está diseñado para brindar a los científicos mayor flexibilidad y control sobre el proceso de selección de tamaño. Con la probada tecnología de inmovilización reversible de fase sólida (SPRI), este reactivo proporciona una selección de tamaño robusta, reproducible y personalizable.

  • Permite ajustes sencillos de 150 a 800 pares de bases para aplicaciones y secuenciadores específicos
  • La eficiente tecnología de esferas magnéticas elimina la necesidad de geles, chips o instrumental especial
  • Escalable de manual a automatizado para procesamiento de alto rendimiento en placas de 96 pocillos

 

Capacidad de selección de tamaño dual

La selección de tamaño izquierdo elimina el ADN que es más pequeño que el tamaño objetivo, y la selección de tamaño derecho elimina el ADN que es mayor que el tamaño objetivo. Al utilizar juntas las selecciones de tamaño izquierdo y derecho, puede apuntar a un intervalo más pequeño de tamaños de ADN.

SPRIselect - Selección de tamaño izquierdoSPRIselect - Selección de tamaño derecho

 

SPRIselect - Superposición de las selecciones de tamaño izquierdo y derechoSPRIselect - Selección de tamaño doble

 

SPRIselect - Superposición de las selecciones de tamaño izquierdo y derecho

 

SPRIselect se utilizó para la selección de tamaño dual en ADNg cizallado de E. coli. [Figura A] Selección de tamaño izquierdo con una proporción de 400 bp. [Figura A] Selección de tamaño derecho con una proporción de 200 bp. [Figura C] Superposición de la selección de tamaño izquierdo (rojo) y de tamaño derecho (azul). [Figura D] La selección de tamaño doble excluye los fragmentos por encima y por debajo de los valores de exclusión objetivo y captura las regiones objetivo entre 200 y 400 bp. [Figura E] ADNg cizallado de E. coli. Para todos los ADN, el tamaño se midió utilizando un chip de alta sensibilidad (Agilent) de bioanalizador Agilent 2100. Los picos en 35 y 10300 son marcadores internos.

 

Reproducible y ajustable

SPRIselect se fabrica con especificaciones muy estrictas que aseguran la reproducibilidad entre ejecuciones y de lote a lote.

Se realizaron dos selecciones de tamaño diferentes en ADNg cizallado de E. coli utilizando SPRIselect. Se realizaron triplicados por selección de tamaño. Cada uno de los triplicados muestra capacidades de selección de tamaño muy consistentes. (Izquierda) Proporción de unión a la muestra de 0,5x para la selección de tamaño del lado izquierdo (Derecha) Proporción de unión de la muestra de 0,5x para la selección de tamaño del lado derecho. El tamaño del ADN se midió utilizando un chip de alta sensibilidad (Agilent) de bioanalizador Agilent 2100. Los picos en 43 y 115 son marcadores internos.

SPRIselect - Proporción de selección de tamaño de 0,5xSPRIselect - Selección de tamaño de E. coli - Proporción de 0,5x

 

(Izquierda) Proporción de selección de tamaño de 0,5x. (Derecha) Proporción de selección de tamaño de 0,5x.

 

Menos tiempo de trabajo que otros proveedores

Se usaron SPRIselect y otros dos kits disponibles comercialmente para la selección de tamaño en ADNg cizallado de E. coli. (Izquierda) El gráfico representa el tiempo para la limpieza o la selección de tamaño única. El flujo de trabajo de SPRIselect para una selección de tamaño única es 4,2 y 2 veces más rápido que el proveedor A y el proveedor B, respectivamente. (Derecha) El gráfico representa el tiempo para la selección de tamaño dual. El flujo de trabajo de SPRIselect para una selección de tamaño dual es 3,8 y 2 veces más rápido que el proveedor A y el proveedor B, respectivamente. SPRIselect tiene el tiempo de procesamiento más bajo de los tres proveedores en al menos un 50 %. Los tiempos se basaron en la realización de una selección de tamaño manual de 8 muestras.Genómica SPRIselect Tiempo de limpiezaGenómica SPRIselect Tiempo de selección de tamaño

 

Flujo de trabajo izquierdo de SPRIselect

Selección de ADN más grande que el tamaño objetivo.

Genómica SPRIselect Selección de tamaño del lado izquierdo Flujo de trabajo

  1. Unir el ADN a las esferas magnéticas
  2. Separar las esferas de los contaminantes
  3. Lavar las esferas magnéticas con etanol al 85 % para eliminar los contaminantes
  4. Eluir el ADN de las esferas magnéticas
  5. Transferir a la placa de almacenamiento

 

Flujo de trabajo derecho de SPRIselect

Selección de ADN más pequeño que el tamaño objetivo o selección de ADN dentro de un intervalo objetivo.

Genómica SPRIselect Selección de tamaño del lado derecho Flujo de trabajo

  1. Unir el ADN a las esferas magnéticas
  2. Transferir el sobrenadante a una nueva placa
  3. Unir el ADN a las esferas magnéticas
  4. Separar las esferas de los contaminantes
  5. Lavar las esferas magnéticas con etanol al 85 % para eliminar los contaminantes
  6. Eluir el ADN de las esferas magnéticas
  7. Transferir a la placa de almacenamiento

 

Fácil de ejecutar tanto de forma manual como automatizada

Tiempo de trabajo y tiempo total estimados en minutos necesarios para realizar la selección de tamaño dual en 8, 24, 48 y 96 muestras de ADN utilizando SPRISelect. Los diferentes métodos se pueden ejecutar de forma manual o automatizada en una estación de trabajo Biomek. La tabla representa los tiempos de automatización ejecutados en una Biomek i7 Hybrid. Se indica la diferencia de tiempo entre los modos manual y automatizado. NR = No recomendado.

SPRISelect Manual Automatizado
Tamaño del lote 8 Tiempo de trabajo 10 10
Tiempo total 20 40
24 Tiempo de trabajo 15 10
Tiempo total 25 42
48 Tiempo de trabajo NR 15
Tiempo total NR 51
96 Tiempo de trabajo NR 15
Tiempo total NR 60

 

Productos para selección de tamaño

N.º DE PIEZA NOMBRE PREPARACIONES
B23317 Reactivo SPRISelect 5 ml
B23318 Reactivo SPRISelect 60 ml
B23319 Reactivo SPRISelect 450 ml

 

 

No está destinado ni se ha validado para su uso en el diagnóstico de enfermedades u otras afecciones.

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