Extracción simultánea de ADN y ARN de tejido fijado en formol e incrustado en parafina (FFPE)

Tipo de contenido: Póster
Autores: Dr. Han Wei; Dra. Brittany Niccum; Dr. Zach Smith; Dr. Jimmy Adediran

Introducción

El tejido fijado en formol e incrustado en parafina (FFPE) es un recurso de estudio inestimable para la investigación, especialmente para la detección de biomarcadores. Los avances en NGS (secuenciación de nueva generación) permiten a los investigadores estudiar genomas, epigenomas y transcriptomas utilizando material de muestra limitado como tejido FFPE. Sin embargo, existen desafíos para la extracción de ácidos nucleicos del tejido FFPE en función de cómo se preparen las muestras FFPE. La calidad e integridad del ácido nucleico se ven afectadas a menudo por la duración de la fijación tisular, la edad y el estado de almacenamiento de los bloques de tejido, y el método de extracción.

Aquí presentamos un flujo de trabajo de preparación de muestras de NGS sencillo y listo para usar para el tejido FFPE utilizando FormaPure XL Total. FormaPure XL Total utiliza esferas paramagnéticas SPRI (inmovilización reversible de fase sólida) para aislar el ADN y el ARN de manera simultánea. FormaPure XL Total puede procesar hasta 7 cortes de 10 µm de tejido FFPE en una única reacción. Para investigadores que tienen necesidades de alto rendimiento, implementamos un método de extracción FFPE automatizado en un Biomek Serie i utilizando FormaPure XL Total. Se demostraron un total de 7 tejidos FFPE que representan 4 tipos de tumor diferentes (hígado, intestino grueso, mama y cerebro) en un Biomek i5 *. El flujo de trabajo tarda menos de 6,5 horas con un tiempo de trabajo de solo 30 minutos. FormaPure XL Total proporciona un rendimiento de extracción consistente y eficiente de los tejidos FFPE, y adaptar las variaciones de entrada de tejido es sencillo.

Desafíos con muestras FFPE

Póster genómico Desafíos con las muestras FFPE

¿Por qué confiar en la extracción de Beckman?

Póster genómico Tecnología SPRI Figura 1

Figura 1. La química AMPure XP se basa en la tecnología de esferas paramagnéticas SPRI (inmobilización reversible de fase sólida), donde el ácido nucleico se inmoviliza en esferas, se le eliminan los contaminantes y luego se eluye. FormaPure XL empareja el flujo de trabajo de unión, lavado y eluido del SPRI con la lisis y desparafinación iniciales.

Datos de rendimiento manual de FormPure XL

Póster genómico FormaPure XL Figura 2

Figura 2. Flujo de trabajo de FormApure XL. FormaPure XL Total utiliza esferas paramagnéticas SPRI para aislar el ADN y el ARN de manera simultánea. Extracción manual de ADN (B) y ARN (C) con FormApure XL. En esta demostración se usaron 5 y 7 cortes de tejido FFPE de cáncer de colon y estómago. El ADN y el ARN se cuantificaron mediante el ensayo Quant-iT PicoGreen dsDNA y el ensayo Quant-iT RiboGreen RNA, respectivamente. Aumentar el número de cortes puede aumentar el ácido nucleico total extraído.

Datos de rendimiento de FormaPure XL automatizado

Póster genómico Datos de rendimiento y comparación Figura 3 

Figura 3. FormaPure XL Total está automatizado en el Biomek Serie i. Se demostraron 7 tejidos FFPE que representan 4 tipos de tumor diferentes (hígado, intestino grueso, mama y cerebro) en una plataforma i5 Span-8. Comparación de tiempo de procesamiento de muestras entre la automatización manual y de Biomek (A). El ADN y el ARN se cuantificaron mediante el ensayo Quant-iT PicoGreen dsDNA y el ensayo Quant-iT RiboGreen RNA, respectivamente (B). La integridad del ácido nucleico se midió mediante el valor DV200 (C). Disposición de la plataforma Biomek i5 para la extracción de ácido nucleico de tejidos FFPE (D).

Comparación de rendimiento de FormaPure XL

Póster genómico Rendimiento e integridad Figura 4

Figura 4. Comparación de integridad y rendimiento de ácidos nucleicos derivados de FFPE. En esta demostración se utilizaron el método basado en columnas y FormaPure XL Total. El ADN y el ARN se cuantificaron mediante el ensayo Quant-iT PicoGreen dsDNA y el ensayo Quant-iT RiboGreen RNA, respectivamente (A y B). Los rendimientos de ADN y ARN se pueden equilibrar ajustando los tiempos de lisis. La integridad del ácido nucleico se midió mediante el valor DV200 (C). El rendimiento de ARN con fragmentos >200 nt en tamaño (D) se calculó utilizando el rendimiento de ARN total * DV200 (%).

 

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