Aislamiento de ARN de bacterias

La secuenciación de ARN aislada de cultivos bacterianos es un método común para determinar qué genes se están expresando en el cultivo. Los ensayos de secuenciación requieren normalmente ARN de alta calidad. Los miembros del equipo PoP, trabajando con un cliente, optimizaron un protocolo utilizando el kit RNAdvance Tissue para su uso con bacterias mediante la adición de lisozima.

Extracción de ARN de E. coli, B. subilis y S. saliverius utilizando el kit RNAdvance Tissue

Se cultivaron Escherichia coli, Bacillus subtilis y Streptococcus saliverius durante la noche en medios LB a 37 °C. El cultivo de E. coli creció a una OD de 6,59, el de B. subtilis a una OD de 4,15, y el de S. saliverius a una OD de 0,94. El ARN se extrajo de 150 μl de esos cultivos nocturnos. El rendimiento se midió mediante absorbancia a 260 nm en un NanoDrop (Thermo Fisher Scientific) y la integridad se evaluó en un sistema de cinta de detección de ARN Agilent (Agilent). El rendimiento del ARN se correlacionó con la OD bacteriana nocturna, con una OD nocturna superior que resulta en rendimientos más altos (Figura 1).

 

Genómica PoP Aislamiento de ARN de bacterias Figura 1

Figure 1

 

El ARN resultante extraído tuvo puntuaciones RIN altas, con una puntuación RIN de 8,4 para E. coli, 9,4 para B. subtilis y 7,4 para S. saliverius (Figura 2-4), indicando un ARN altamente intacto.

Genómica PoP Aislamiento de ARN de bacterias Figura 2

Figure 2

 

Genómica PoP Aislamiento de ARN de bacterias Figura 3

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Genómica PoP Aislamiento de ARN de bacterias Figura 4

Figure 4

 

 

Beckman Coulter no ofrece garantías de ningún tipo, expresas o implícitas, con respecto a este protocolo, incluyendo, entre otras, las garantías de idoneidad para un propósito particular o de comerciabilidad o de que el protocolo no sea infringente. Todas las garantías están expresamente rechazadas. Su uso del método es exclusivamente bajo su propio riesgo, sin recurrir a Beckman Coulter. No está destinado ni se ha validado para su uso en el diagnóstico de enfermedades u otras afecciones. Este protocolo es para demostración solamente y no está validado por Beckman Coulter.

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