Rendimiento y datos de FormaPure XL

Extracción manual o automatizada de ARN, ADN o ácido nucleico total de tejidos FFPE

La extracción de ácido nucleico de tejido fijado con formalina e incrustado en parafina (FFPE) es desafiante debido a la naturaleza de la preparación del tejido. Los kits de reactivos FormaPure XL representan un único sistema químico con capacidad demostrada para su uso en secuenciación de nueva generación (NGS) así como en otras aplicaciones posteriores, incluyendo qPCR. Maximizar la integridad, el rendimiento y la pureza de una muestra FFPE es necesario para minimizar el riesgo de perder información genética crítica.

  • Datos que muestran la extracción consistente del ARN y/o ADN compatibles con NGS de una única muestra FFPE
  • Sistema de química simple y flexible demostrado para su uso con entrada de muestras de 10 µm a 70 µm
  • Acidos nucleicos de mayor integridad que respaldan la sensibilidad mejorada de qPCR y las aplicaciones de NGS*

El rendimiento de la NGS comienza con la integridad del ARN

El análisis de fragmentos muestra que los kits de reactivos FormaPure XL extraen ARN con puntuaciones de DV200 porcentuales superiores al ARN extraído del mismo bloque utilizando un kit basado en columnas. Un porcentaje más alto de DV200 puede resultar en un mejor desempeño de la NGS.

Genómica FormaPure XL Rendimiento Figuras 1 y 2

Figure 1 and Figure 2

Figura 1 y Figura 2: FormaPure XL Total y FormaPure XL RNA aíslan ARN con mayor integridad que un kit basado en columnas. El ARN se evaluó en la cinta de detección de ARN Agilent. ARN aislado con FormaPure XL RNA (trazos azules) y un kit de columna alternativo (trazos anaranjados) de cuatro muestras FFPE diferentes. Las extracciones de mama e intestino se realizaron con siete rizos de 10 μm. Los valores de DV200 se presentan para cada uno de los electroferogramas. Los valores porcentuales de DV200 representan el porcentaje de fragmentos de ARN mayor que 200 nucleótidos.

Genómica FormaPure XL Rendimiento Figura 3

Figure 3

Figura 3: FormaPure XL Total y FormaPure XL RNA aíslan ARN con una integridad igual o superior que un kit basado en columnas y un kit de lisis basado en sonicación, como se evaluó en la cinta de detección de ARN Agilent. Las extracciones procedieron de 1 rizo de 10 µm de tejido mamario, intestinal, próstatico y pulmonar. Los valores porcentuales promedio de DV200 se representan para tres réplicas técnicas y las barras de error son representativas de la desviación estándar de las tres réplicas técnicas.

Los rendimientos de ácido nucleico se determinan mediante las siguientes variables:
Tipo de tejido; tamaño del tejido; tipo de tumor; método de fijación; método de incrustación en parafina; reactivos; condiciones de almacenamiento; cantidad de entrada de tejido; química de extracción; edad del bloque de tejido.

Genómica FormaPure XL Rendimiento Figura 4

Figure 4

Figura 4: El ARN y el ADN se aislaron utilizando FormaPure XL Total y un kit basado en columnas de 5 tipos de muestras de tejido FFPE diferentes. Todas las extracciones se realizaron con siete rizos de 10 μm. El rendimiento promedio de las tres réplicas técnicas se presenta arriba. El rendimiento del ácido nucleico se estimó utilizando el ensayo Quant-iT (Thermo Fisher Scientific).

FormaPure XL puede permitir a un usuario extraer de sus cantidades deseadas de rizos. No todos los laboratorios recibirán la misma cantidad de tejido de donde extraerlos. FormaPure XL permite al usuario extraer mucho o poco tejido según él lo pueda definir.

Número de rizos Rendimiento de ARN (µg) Rendimiento de ADN (µg)
1 1,0 1,2
3 3,5 3,1
5 10,3 11,3
7 13,3 9,5

Tabla 1: El ARN y el ADN se aislaron con FormaPure XL Total del tejido mamario FFPE. Se utilizó un número cada vez mayor de rizos. El rendimiento del ácido nucleico aumentó con un mayor número de rizos excepto para el ADN extraído de siete rizos de 10 μm (debido a la variación del contenido de tejido dentro de los rizos).

Flujo de trabajo visual

Genómica FormaPure XL Rendimiento Flujo de trabajo

  1. Desparafinar el tejido FFPE
  2. Lisar el tejido FFPE y desentrelazar el ARN
  3. Transferir la mitad del lisado para flujo de trabajo de ARN
  4. Unir el ARN a las esferas magnéticas
  5. Separar las esferas magnéticas de los contaminantes
  6. Lavar las esferas magnéticas con etanol al 80 % para eliminar los contaminantes
  7. Tratar las muestras con DNasa I
  8. Reunir el ARN a las esferas magnéticas con RBA
  9. Separar las esferas magnéticas de los contaminantes
  10. Lavar las esferas magnéticas con etanol al 70 % para eliminar los contaminantes
  11. Eluir el ARN de las esferas magnéticas
  12. Procesar el lisado restante para flujo de trabajo de ADN
  13. Desentrelazar el ADN
  14. Transferir el lisado restante para flujo de trabajo de ADN
  15. Tratar las muestras con RNasa A
  16. Unir el ADN a las esferas magnéticas
  17. Separar las esferas magnéticas de los contaminantes
  18. Lavar las esferas magnéticas con etanol al 80 % para eliminar los contaminantes
  19. Eluir el ADN de las esferas magnéticas
  20. Transferir el ARN y ADN eluidos a una placa de almacenamiento

Método de automatización frente a la temporización manual

FormaPure XL Total, RNA y DNA son un conjunto flexible de kits de extracción adecuados para flujos de trabajo manuales o automatizados.

  • Escalable en función del rendimiento
  • Transición rápida con métodos listos para implementar
  • Asistencia experta sobre reactivos, automatización y métodos de un único proveedor
FormaPure XL Total FormaPure XL DNA FormaPure XL RNA
Manual Automatizado Manual Automatizado Manual Automatizado
Tamaño del lote 8 Tiempo de trabajo 3,5 0,5 1 0,5 2 0,5
Tiempo total 6,5 6 3,5 5,25 4,5 5
24 Tiempo de trabajo 4 0,5 1,5 0,5 2,5 0,5
Tiempo total 7 6,25 4 5,5 5 5
48 Tiempo de trabajo NR 0,5 NR 0,5 NR 0,5
Tiempo total NR 6,5 NR 5,5 NR 5,5
96 Tiempo de trabajo NR 0,5 NR 0,5 NR 0,5
Tiempo total NR 6,75 NR 5,75 NR 5,5

Tabla 2: Tiempo de trabajo y tiempo total estimados en horas necesarios para realizar 8, 24, 48 y 96 extracciones de ácido nucleico de ARN o ADN con FormaPure XL. Los métodos se pueden ejecutar de forma manual o automatizada en un sistema de manipulación de líquidos. Los datos representados en esta tabla se basan en una Biomek i7 Hybrid. Se indica la diferencia de tiempo entre los modos manual y automatizado. NR = No recomendado.

Productos FormaPure XL para aislamiento de ARN, ADN y ácido nucleico total de tejido FFPE

Los kits de reactivos FormaPure están disponibles en varios tamaños de kit y tipos de extracción según sus necesidades de aplicación y rendimiento. Póngase en contacto con nosotros hoy mismo rellenando el formulario de esta página para obtener su presupuesto.

Número de pieza Nombre Preparaciones
C35991 FormaPure XL Total 50
C35992 FormaPure XL Total 96
Número de pieza Nombre Preparaciones
C35996 FormaPure XL DNA 50
C35997 FormaPure XL DNA 96
Número de pieza Nombre Preparaciones
C36000 FormaPure XL RNA 50
C36001 FormaPure XL RNA 96

 

 

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