Descripción del aislamiento de ARN de tejido FFPE

  • Rendimiento y pureza consistentes y superiores del ARN o el ácido nucleico total
  • No se requiere centrifugación, filtración por vacío ni disolventes
  • Admite procesamiento manual o automatizado

Aplicación: Aislamiento de ARN total o ácido nucleico total de muestras de tejido FFPE

Técnicas de aplicaciones posteriores: qRT-PCR, micromatriz

Descripción general del proceso Recuperación de ácido nucleico fragmentado

A - B. Digestión del tejido y liberación de los ácidos nucleicos. 1. Unión de los ácidos nucleicos a las esferas magnéticas 2. Separación de las bolas 3.Lavado de los productos capturados con etanol al 70 % 4.Lavado con isopropanol para eliminar los contaminantes 5. Lavado con etanol al 70 % 6. Elución de los ácidos nucleicos de las partículas magnéticas.

La fijación de muestras de tejido en formaldehído puede provocar un entrelazamiento extensivo de los componentes tisulares. La calidad del ácido nucleico variará en función de diversos factores, incluyendo la forma en que se realizó el proceso de fijación en formalina, la edad de la muestra, las condiciones de almacenamiento, etc. Como puede verse en la Figura 1, se aisló el ácido nucleico de una variedad de tipos y edades de muestras FFPE utilizando el proceso Agencourt FormaPure y se amplificó con éxito mediante PCR.

Recuperación de ácidos nucleicos

Figura 1. El ácido nucleico total se aisló de secciones de 5 micras de cada tejido. El volumen de elución fue de 40 μl. Se usaron 2 μl de producto eluido en una reacción PCR de 20 μl (45 ciclos) para amplificar una región de 300 bp del gen GAPDH. Se electroforó una muestra de 10 μl en gel de agarosa al 2 %. El carril 9 contiene el control negativo. El carril 10 contiene una escalera de 1 kb.

Pureza consistente del ARN

El sistema Agencourt FormaPure proporciona rendimiento y pureza del ARN uniformes. La tabla 1 muestra los datos del ARN recuperado de cinco réplicas biológicas pulmonares de rata FFPE que se purificaron utilizando Agencourt FormaPure. Se observan proporciones consistentes que van de 1,79 a 1,83 para 260/280 y de 1,06 a 1,21 para 260/230. Los gráficos del bioanalizador Agilent* de las mismas muestras muestran una recuperación de fragmentos y una pureza del ARN consistentes (Figura 2).

Tabla 1. Datos de centros beta de ARN purificado a partir de tejidos pulmonares de rata FFPE utilizando Agencourt FormaPure.
Se utilizó una sección de 10 micras para cada réplica.

 Pureza del ARN

Figura 2. Gráficos del bioanalizador Agilent del ARN preparado a partir de varios tejidos pulmonares de rata FFPE utilizando el sistema Agencourt FormaPure. Todas las muestras se trataron con DNasa I.

Resumen

El sistema Agencourt FormaPure puede extraer tanto ácido nucleico total como ARN total y ofrece un rendimiento y una pureza superiores en un proceso fácil de automatizar. Esta tecnología puede purificar ácidos nucleicos de una amplia variedad de tipos de tejido para su utilización en técnicas como genotipado de SNP, expresión génica y secuenciación. Con la utilización de las esferas paramagnéticas, no se requiere centrifugación, filtración por vacío ni disolventes químicos. El sistema Agencourt FormaPure, junto con la estación de trabajo Beckman Coulter Biomek NXP o FXP Span-8, ayuda a dar respuesta a las amplias preguntas biológicas de hoy en día.